También aparece en la relación de la Aljama de «Valdezcaray», para los años 1490 y 1491, que incluye a las villas de Ezcaray, Ojacastro, Zorraquín, Santurde, Santurdejo y Valgañón. La primera referencia documental es del año 1084 y pertenece a una donación realizada por Alfonso VI de Castilla por la cual cedió el Monasterio de San Sebastían de Ojacastro, sito entre las villas de Zorraquín y Valgañón al Monasterio de San Millán de Suso. En el «Libro de Montería» de Alfonso XI (1312-1350), en su capítulo III, habla de la caza «De los montes de Tierra de Burgos et de Sant Millán de la Cogolla» donde abunda el jabalí y también el oso.
Valgañón queda encuadrado en ese momento en la Intendencia de Burgos. El 6 de julio de 1629, la Villa de Fresneda de la Sierra Tirón escribe al Concejo y Villa de Valgañón solicitando ayuda por la presencia de un oso en las sierras comuneras de ambos pueblos, el cual estaba haciendo estragos entre el ganado y «dicho oso no ay dia que no mate una vaca». Es tal la dedicación de los vecinos a estas labores que el Concejo de la Villa el día 28 de febrero de 1719, y teniendo en cuenta que casi todos ellos se dedican a la fabricación de paños, solicitan ser acogidos a las medidas promulgadas por Felipe V, en las que a los fabricantes de paños y otras manufacturas y aquellos que se ocupan en la guarda de los ganados de la Cabaña Real son eximidos de quintas y sorteos con los que contribuir al Ejército.
Diez años después y mediante una Real Carta firmada en Sevilla por Felipe V «Atendiendo a lo que conviene el aumento de las Maniobras de estos Reinos y a que las que hay establecidas en la Villa de Balgañón necesitan algún alivio, no solo para que se conserven sino para que se adelanten» concede a los maestros fabricantes de paños y demás operarios de la liberación de quintas y de dar alojamiento y bagaje a las tropas. También se hace referencia en esta Real Carta al número de fábricas existentes en la Villa, que ascienden a 18 telares, 4 batanes, 7 calderas en 2 casas-tintes y 3 lavaderos de lana.
Gozaban los fabricantes de exenciones y otros derechos que favorecían el desarrollo de sus fábricas. Las calidades de sus paños, que van desde el sexseno al veinteno, de buena lana, colores y calidad, «con ciuas manufacturas no solo trabajan y se alimentan la Villa de Balgañón, sino otros pueblos circunbecinos». En un documento fechado en Belorado el 16 de diciembre de 1303 se ordena a la Aljama de Valgañón, «que los judíos de este pueblo deben dar posada a los clérigos y justicias de la Villa, pues los judíos de esta Villa no les querían dar y así se manda bajo pena de destierro».