En 1808 se describía a Valgañón en un privilegio como: «Villa secular de España, Provincia y Arzobispado de Burgos. Partido Judicial de Santo Domingo de la Calzada, 80 vecinos, un hospital, una escuela y dos Iglesias extramuros, la una Nuestra Señora de Tresfuentes, que es la parroquia y está a 1000 pies al oeste de la villa y cuenta con un caserío para un sacerdote que cuida de su servicio, y la otra de San Andrés, que está en el interior de la villa». El 7 de mayo de 1154 las villas de Ezcaray, Ojacastro y Valgañón pactaban un acuerdo con el Monasterio de San Millán por el cual estos renovaban su voto al monasterio y éste se comprometía a tomar o comprar en las citadas villas la carne, el queso y la manteca cuando en este se albergase personaje importante como rey, conde u obispo.

A los lados de la hornacina pinturas de pequeño tamaño que representan los martirios de San Pedro y San Juan Bautista. En 1487, Pedro Manrique, Señor de Valdezcaray, exige el pago de 50000 maravedies a los concejos de Valgañón y Zorraquín para la dote de una hija que iba a profesar como religiosa. El 14 de abril de 1733 se instituye la Escuela de Gramática de Valgañón por Dionisio López de la Umbría. Los Reyes envían una carta al Señor de Valdezcaray, fechada en Valencia el 5 de abril de 1488, recordando a este que debía respetar los usos y privilegios de sus lugares de Valgañón y Zorraquín. En una carta del Consejo Real con fecha 25 de mayo de 1492, a petición de las aljamas de Valgañón y Ezcaray, se ordena al Corregidor de Santo Domingo de la Calzada que si las deudas que los vecinos de estas villas tenían con los judíos eran lícitas, les fueran satisfechas antes de que tuvieran que abandonar el Reino.

En un documento fechado en Belorado el 16 de diciembre de 1303 se ordena a la Aljama de Valgañón, «que los judíos de este pueblo deben dar posada a los clérigos y justicias de la Villa, pues los judíos de esta Villa no les querían dar y así se manda bajo pena de destierro». En el «Repartimiento de servicio y medio servicio», un impuesto de carácter extraordinario y específico para los judíos de la Corona de Castilla en 1474, aparece Valgañón en la relación hecha de este servicio para los años 1484 y 1485. En la Diócesis de Burgos se dice: «El Aljama de Belhorado, con los judíos de Hojacastro é Valgañón é Villaharta é Santurde é Iscaray é Santurdecho». En 1704, según fray Matheo de Anguiano en su libro titulado Compendio Historial de la provincia de La Rioja: «Otro venerable Santuario y muy antiguo, es venerado más arriba de Ezcaray, à distancia de una legua, en la Villa de Valgañón, donde preside la devotísima Imagen de Nuestra Señora, llamada de Tresfuentes. Diosele este nombre por la ocasión de averse aparecido milagrosamente en medio de tres fuentes. Por común tradición se sabe que es una de las Sagradas Imágenes más antiguas de España. Son muchos su prodigios y sus vezinos se esmeran mucho en su culto y decencia, haciéndola continuos obsequios, colchas textil hogar agradecidos a los continuos favores que por tal medianera reciben».

Los aspirantes debían dirigir en el plazo de 30 días la solicitud al Gobernador Civil de Logroño, acreditando: cédula de empadronamiento, partida de bautismo, tener más de 16 años y menos de 60, saber leer y escribir y acreditar buena conducta por medio de un certificado expedido por el Alcalde o Juez del pueblo de su naturaleza. Hay en el pueblo 92 colmenas. La administración territorial y según el censo del conde de Floridablanca, elaborado entre 1785 y 1787, era caótica. Según el Catastro de Ensenada hecho en 1752 había 163 casas con 140 vecinos. En las relaciones remitidas por los Arzobispos, Obispos y otros Prelados y personas eclesiásticas del vecindario de sus diócesis a Felipe II, en la remitida por el Arzobispo de Burgos el 27 de noviembre de 1588, aparece como: «Valgañón, Arciprestazgo de Belorado, Obispado de Burgos, 1 pila bautismal y 100 vecinos». Las calidades de sus paños, que van desde el sexseno al veinteno, de buena lana, colores y calidad, «con ciuas manufacturas no solo trabajan y se alimentan la Villa de Balgañón, sino otros pueblos circunbecinos».